Исполнительными органами МКВК определены бассейновые водохозяйственные объединения (БВО) «Амударья» и «Сырдарья», Научно-информационный центр (НИЦ), Координационно-метрологический центр (КМЦ) и Секретариат.
БВО организуют планирование режимов попусков и распределение водных ресурсов, непосредственное оперативное выполнение тех решений, которые принимает МКВК на своих заседаниях в части водораспределения, графиков водоподачи и попусков, управления качеством вод.
Научно-информационный центр является аналитическим и информационным органом в разработке принципов и путей перспективного развития, водного хозяйства ЦАР, совершенствования управления и улучшения экологической ситуации в бассейне.
НИЦ МКВК осуществляет свою деятельность совместно с сетью научных и проектных организаций пяти стран ЦА, имеет национальные филиалы в центральноазиатских республиках, которые, в свою очередь, организуют научный и информационный обмен на национальном уровне.
Информация поступает в НИЦ со всего мира, обрабатывается, переводится и распространяется в интересах информационного обеспечения водохозяйственного сектора государств Центральной Азии.
В состав НИЦ МКВК входят:
- Дирекция
- Отдел зарубежных связей
- Региональный информационно-вычислительный центр
- Отдел научно-технической информации и издательство
- Отдел планирования научно-исследовательских работ
- Отдел проектных работ
- Отдел повышения квалификации
- Казахский филиал
- Кыргызский филиал
- Таджикский филиал